简要结论
大陆（中华人民共和国境内）居民企业在计算企业所得税时，不可将已在香港支付的利得税“直接抵扣”应税所得；可以在符合条件下就已在香港实际缴纳的利得税按中国税法和两地税务安排申请“税额抵免”（foreign tax credit），但抵免额以应纳税所得在中国应缴税款为上限，且需满足资料证明、归属判断与按规定计算程序。相关规则以国家税务总局、财政部及内地—香港避免双重征税安排、香港税务局的最新规定为准（见下文来源节）。
1. 基本概念与法律框架
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概念差异
- 利得税（香港）：对在香港产生或得来的利润征收的税，香港税务局（Inland Revenue Department，IRD）负责征收，税率企业一般为16.5%（分级首港币200万适用较低税率）。来源见香港税务局官网。
- 中国企业所得税（EIT）：居民企业就全球范围内所得征税。中国对外来税收采用“税额抵免”制度以避免双重征税，非将外国税“从收入中扣除”。法规可在财政部、国家税务总局官网检索《企业所得税法》及实施细则。
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法律与安排依据
- 《中华人民共和国企业所得税法》及实施条例（财政部、国家税务总局）。
- 《内地与香港特别行政区避免双重征税及防止偷漏税安排》（通常称“内地—香港税务安排”），对如何消除双重征税、居民定义与抵免方法作出规定；文本可在国家税务总局与香港税务局官网查阅。
- 香港税务局关于利得税的官方说明，含税率与税务证明开具。
2. 适用条件与范围（要件清单）
- 税收居民身份：申请抵免的一方须为中国税法意义上的居民企业（受全球征税义务）。
- 同一所得重复征税：香港利得税必须为就与中国申报所得“相同或可比”收入而实际征收。
- 实际缴税证明：需香港税务局或其他官方文件证明已缴税款（如评税通知书、缴款凭证）。
- 申报与时间：在中国企业所得税年度申报时提出，按税务机关要求提供资料并接受稽核。
3. 操作流程（步骤化）
- 确认企业税收居民身份与适用安排（是否适用内地—香港税务安排）。
- 区分并确认“在香港已纳税的利润”与在大陆需要并入应税所得的部分，必要时进行利润归属与转移定价分析。
- 汇总证明材料：香港税单、缴税收据、香港公司账簿、经审计的财务报表、收入归属说明、内地企业所得税申报表等。
- 按中国税法计算应纳企业所得税（含将该海外利润并入后计算对应应纳额），确定可抵免上限并填报抵免项目。
- 向主管税务机关提交资料并接受复核；若涉及税款多缴或争议，可依安排申请相互协商程序（MAP）。
4. 抵免计算方法与示例
- 原则：可抵免税额 = min(已在香港缴纳的税额, 就该外国来源所得在中国按税法计算的应纳税额)。
- 示例（便于理解，数字以说明为准）：
- 香港已付利得税：HKD 165,000（按16.5%计，等于应税利润HKD1,000,000）。
- 在中方并入后同一利润对应中国应纳税额按25%税率为RMB 250,000（假设无其他调整）。
- 可抵免额以两者的货币换算后比较，抵免额不得超过在中国该部分应纳的税额。超额部分不能退回或抵减其他应税所得。
- 汇率换算与会计处理需按照税局规定执行，相关金额以当期适用汇率和税法为准。
5. 实务要点与常见问题
- 资料完整度要求高：香港缴税证明、利润来源说明、合并与分部账、转让定价文档等会被重点审查。
- 利润归属判断：如香港公司仅为空壳或代理，税务机关可能重新界定利润来源并拒绝抵免。需有实际经营实质（substance）。
- 两地安排利用：内地—香港安排有关于居民定义、常设机构与避免双重征税条款，适用时须按安排程序取得相关证明。
- 个人与企业区别：香港的薪俸税或个人税与企业所得税体系不同，个人境外税收抵免有不同规则。
- 时效与追溯：税务调整或争议可能影响已申报的抵免，应留存完整证据以备税局查验或申请相互磋商。
6. 优势与限制（客观列示）
- 优势：通过税额抵免可避免同一利润被双重征税，改善税负重复负担；内地—香港安排提供程序性保障。
- 限制：抵免上限严格（不能超过在中国应纳税额）、需大量文件证明、对公司实质与利润归属要求高、不能实现“退税”超过限额。
7. 参考与查询路径（建议核验官方原文）
- 国家税务总局 / 财政部官方网站（检索“企业所得税 法/实施条例”“境外所得税收抵免”相关公告）。
- 内地—香港避免双重征税安排文本（国家税务总局与香港税务局网站均有公布）。
- 香港税务局（Inland Revenue Department）：利得税（Profits Tax）与税务证明开具规则（查看官方网页与最新通告）。
- 如遇复杂跨境结构或税务争议，建议以官方法规为准并通过税务代理或专业税务顾问按证据准备申报材料。
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